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Movable Type 3.35（MT-3_35-ja）の初期レイアウトは２カラム（２行）になっています。
テンプレートのメインページ（index.html)を変更します。
div id="alpha"以下の記載がメインの部分です。
div id="beta"以下の記載が右側の部分です。
始める前にバックアップを取っておいてください。
まずはじめに
body class="layout-two-column-right main-index"のところを
body class="layout-three-column main-index"に変更します。
次に、下記のものを挿入します。
div id="gamma"
div id="gamma-inner" class="pkg"
自分ですきな内容を記載してください。
/div
/div
最後に
div id="alpha"
div id="alpha-inner" class="pkg"
中身
/div
/div
と
div id="beta"
div id="beta-inner" class="pkg"
中身
/div
/div
の中身を交換すれば完成です。
順序はどこからでも関係あリません。

簡単にバックの色を変更する方法を紹介します。
テンプレートのスタイルシート（styles-site.css）を変更します。
ページの上の表題の部分はbannerで構成されています。
そこで、次の部分を変更します。

#banner {
width: 810px; /* necessary for ie win */
background: #a3b8cc;
}

#a3b8ccのところを#99FF99に変更してみます。
緑色に変わったことが、わかると思います。さあ、やってみましょう。

Movable Type 3.35は右にサイドバーが設定されています。
そこで左右を入れ替えて、左にサイドバーを持ってくるようにします。
はじめにテンプレートのメインページそのままではW3Cの基準をクリアできないようなので、headの上の部分2行目からを下記のように変更します。（＜＞はすべて省略していますのでそのままコピーしないで下さい。）
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"
html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" id="sixapart-standard" xml:lang="ja" lang="ja"
次に／ｈeadのすぐ下のところの、body class="layout-two-column-right main-index"のrightをleftに変更します。
左側がａｌｐｈａ、右側がｂｅｔａになっています。
そこでａｌｐｈａとｂｅｔａの中身を交換します。
div id="alpha"
div id="alpha-inner" class="pkg"の下の
MTEntriesから/MTEntriesまでと
div id="beta"
div id="beta-inner" class="pkg"の下の
div class="module-search module"からPowered by　br /　a href="http://www.sixapart.jp/movabletype/"　$MTProductName version="1"$　/a　
/div
/div
までの中身を交換します。
この中のａｌｐｈａに入ったinput id="search" name="search" size="20" tabindex="2にname="search" value="" size="20"のようにvalueを加えます。
それで出来上がったサイトが「ワンワン物語」です。
最後にW3Cでチェックして、
/MTIfArchiveTypeEnabledとMTBlogIfCCLicenseの間あたりに、下の画像を張りましょう。
Valid XHTML 1.0 Transitional
この部分（http://validator.w3.org/check?uri=referer）をチェック後に下に出るURLに置き換えればいつでもチェックができます。