Movable Type 3.35（MT-3_35-ja）の初期レイアウトは２カラム（２行）になっています。
テンプレートのメインページ（index.html)を変更します。
div id="alpha"以下の記載がメインの部分です。
div id="beta"以下の記載が右側の部分です。
始める前にバックアップを取っておいてください。
まずはじめに
body class="layout-two-column-right main-index"のところを
body class="layout-three-column main-index"に変更します。
次に、下記のものを挿入します。
div id="gamma"
div id="gamma-inner" class="pkg"
自分ですきな内容を記載してください。
/div
/div
最後に
div id="alpha"
div id="alpha-inner" class="pkg"
中身
/div
/div
と
div id="beta"
div id="beta-inner" class="pkg"
中身
/div
/div
の中身を交換すれば完成です。
順序はどこからでも関係あリません。